Modules OBI-1,2,3,4,5,6: Modules d'Informatique et de BioInformatique de Formation Permanente et de 3ème cycle pour les Ecoles doctorales de Biologie


Considérations générales

L'informatique en biologie ne peut plus être ignorée par les étudiants de 3ème cycle : elle est utilisée dans tous les domaines de la biologie, et ne concerne plus seulement les spécialistes "bio-informatiques". De nombreux logiciels existent (en partie sur le WEB, mais plus souvent sous la forme de logiciels libres Unix) mais le manque de connaissances informatiques de base sur Unix empêche les biologistes de coordonner ces logiciels, voire même de les utiliser.
Une formation sur des systèmes "professionnels" (stations de travail Unix/Linux, utilisées aussi bien dans la recherche publique que dans les entreprises) et la connaissance de la programmation système sous Unix (c-shell, etc...) permet à un scientifique - sans qu'il soit obligé de devenir "informaticien" - d'utiliser de manière puissante et coordonnée les logiciels qui relèvent de son domaine. Cette compétence est peut être encore plus appréciée dans le milieu industriel que dans le milieu universitaire.
L'apprentissage d'Unix, de ses outils, et de leur applications fait l'objet du Module OBI1.
Le Module OBI2 sera consacré à une initiation aux algorithmes et à leur mise en oeuvre via l'utilisation d'un langage de programmation interprété et souple (Python), pouvant servir de base à la compréhension des paradigmes de la programmation.
D'autre part, la génomique et la bio-informatique ont elles aussi diffusé très largement au dehors de la communauté restreinte des bio-informaticiens. Beaucoup de logiciels de bio-informatique sont disponibles sur internet et utilisable avec un navigateur.
C'est l'objet du Module OBI3 que de donner une initiation aux algorithmes et statistiques utilisés dans ces logiciels bio-informatiques, de manière à pouvoir les utiliser avec pertinence.
Le module OBI4 est un module d'initiation à la phylogénie moléculaire (le module OBI3 est conseillé).
OBI5 est un module d'initiation aux bases de données (modélisation, conception du schéma, utilisation de postgresql...). OBI6 est un module qui permet d'acquerir les bases en analyse de données populationnelles (sequences nucleotidique et microsatellites).

Public visé - prérequis:

Ces modules sont destinés à un public de biologistes (au sens large).
Les prérequis pour ces modules sont donc par ordre d'importance:
1) être intéressé
2) avoir déjà pianoté sur un clavier d'ordinateur (même avec un doigt, mais c'est mieux avec 2 ! :-).
et ceux qui suivent (IMPORTANT):
Pour OBI1, OBI5 et OBI6 : pas plus de prérequis que ceux mentionnés ci-dessus
Pour OBI2 : il est conseillé d'avoir suivi OBI1 (à moins de déjà se débrouiller un peu sous Unix/Linux)
Pour OBI4: il est fortement conseillé d'avoir suivi OBI3.

Organisation:

Chaque module dure quatre jours. Bien que ces 4  modules soient complémentaires, chaque module peut être suivi séparement. Ils sont composés de 3h de cours le matin et de 4h de TP l'après midi sur le thème de la matinée (travail sur machine Unix/Linux).
Ces modules peuvent accepter au maximum 14 étudiants car nous voulons que le travail de TP se fasse sur machine avec une machine par étudiant. La durée d'un module est de 4 journées. Les horaires sont 9h30-12h30 (cours) et 14h-18h (application sur machine).
L'assiduité à tous les enseignements est bien évidemment obligatoire. De même, l'inscription vous engage à suivre le module (donc il faut vérifier AVANT l'inscription que vous êtes libres de toute obligation pendant les cours/TP).

Les inscriptions (ou renseignements complémentaires) se prennent par mail auprès de : et, UNIQUEMENT pour les stagaires de formation permanente, auprès de :

Intervenants :

Guillaume Achaz, Bernard Billoud, Lucie Bittner, Elodie Duprat, Cyril Gallut, Ingrid Lafontaine, Elodie Laine, Stéphane Le Crom, Philippe Lopez, Joël Pothier, Thierry Robert : Enseignants-Chercheurs à l'Université Pierre et Marie Curie

Cliquer ici pour avoir les coordonnées détaillées des intervenants.


Sessions 2016/2017:



Module OBI 4:  date: 5-8 décembre 2016

Introduction à la phylogénie moléculaire.

lieu : Bâtiment Atrium: du Lundi au Jeudi dans une salle de l'Utes (9h30-12h30 13h30-17h30)


Module OBI 1:  date: 6-9 mars 2017

Unix/Linux : informatique pour la Biologie - Elaboration de chaînes de traitement des informations biologiques

Initiation au traitement de l'information en biologie par l'utilisation de l'informatique sous système Unix/Linux. L'étudiant sera mis en situation d'utiliser des logiciels du domaine public et universitaire développés en biologie et bio-informatique, et de les interfacer de manière professionnelle grâce aux outils Unix.

lieu : Bâtiment Atrium: Lundi au Jeudi dans la salle RC03, et le mardi 7 en salle 121  (9h30-12h30 13h30-17h30)

Module OBI 2:  date: 20-23 mars 2017

Algorithmique  et Programmation : Notions de base pour les biologistes

Initiation à la programmation et à l'algorithmique. Faisabilité d'un algorithme : les problèmes simples et les problèmes complexes.  Présentation des algorithmes classiques pour l'optimisation et le traitement des données.

lieu : Bâtiment Atrium: Lundi au Jeudi dans la salle RC03  (9h30-12h30 13h30-17h30)

Module OBI 6:  date: 24-27 avril 2017

Genomique des Populations

Fondamentaux en génomique des populations. Logiciels d'analyse de jeux de données populationnelles via des statistiques resumées, des simulateurs de coalescence, de l'analyse de structuration géographique et des inférences de paramètres par la méthode ABC

lieu : Bâtiment Atrium: du Mardi au Vendredi dans la salle RC05 le matin et salle 100 l'après midi (sauf vendredi a-m: salle RC15) (9h30-12h30 13h30-17h30)


Module OBI 3:  date: 18-21 avril 2017

Bases Algorithmiques et Statistiques de l'Analyse des Séquences - Applications avec les logiciels disponibles sur le WEB.

Algorithmes utilisés en Génomique et analyse de séquence: les algorithmes seront étudiés de manière à mettre en évidence la pertinence du paramétrage des logiciels utilisés.

lieu : Bâtiment Atrium : salle RC03 (9h30-12h30 13h30-17h30)

Module OBI5 date : 27-30 mars 2017

Base de données
Initiation à la conception d'une base de données relationnelle en biologie. Modélisation des données, réalisation d'un schéma conceptuel.

Notion de données, les étapes de la réalisation d'une base de données. Le modèle relationnel. La modélisation avec le modèle "entités relations" et la réalisation du shéma conceptuel.
Le Système de Gestion de Bases de Données Relationnelles (SGBDR). Le langage SQL.

Création d'une base, manipulation des ,données ajout, modification et suppression, requêtes avancées. Gestion des utilisateurs et des droits.
lieu : Bâtiment Atrium : salle RC03 (9h30-12h30 13h30-17h30)