Modules OBI-1,2,3,4,5: Modules d'Informatique et de BioInformatique de Formation Permanente et de 3ème cycle pour les Ecoles doctorales de Biologie

Considérations générales

L'informatique en biologie ne peut plus être ignorée par les étudiants de 3ème cycle : elle est utilisée dans tous les domaines de la biologie, et ne concerne plus seulement les spécialistes "bio-informatiques". De nombreux logiciels existent (en partie sur le WEB, mais plus souvent sous la forme de logiciels libres Unix) mais le manque de connaissances informatiques de base sur Unix empêche les biologistes de coordonner ces logiciels, voire même de les utiliser.
Une formation sur des systèmes "professionnels" (stations de travail Unix/Linux, utilisées aussi bien dans la recherche publique que dans les entreprises) et la connaissance de la programmation système sous Unix (c-shell, etc...) permet à un scientifique - sans qu'il soit obligé de devenir "informaticien" - d'utiliser de manière puissante et coordonnée les logiciels qui relèvent de son domaine. Cette compétence est peut être encore plus appréciée dans le milieu industriel que dans le milieu universitaire.
L'apprentissage d'Unix, de ses outils, et de leur applications fait l'objet du Module OBI1.
Le Module OBI2 sera consacré à une initiation aux algorithmes et à leur mise en oeuvre via l'utilisation d'un langage de programmation interprété et souple (Python), pouvant servir de base à la compréhension des paradigmes de la programmation.
D'autre part, la génomique et la bio-informatique ont elles aussi diffusé très largement au dehors de la communauté restreinte des bio-informaticiens. Beaucoup de logiciels de bio-informatique sont disponibles sur internet et utilisable avec un navigateur.
C'est l'objet du Module OBI3 que de donner une initiation aux algorithmes et statistiques utilisés dans ces logiciels bio-informatiques, de manière à pouvoir les utiliser avec pertinence.
Le module OBI4 est un module d'initiation à la phylogénie moléculaire (le module OBI3 est conseillé).
OBI5 est un module d'initiation aux bases de données (modélisation, conception du schéma, utilisation de postgresql...).

Public visé - prérequis:

Ces modules sont destinés à un public de biologistes (au sens large).
Les prérequis pour ces modules sont donc par ordre d'importance:
1) être intéressé
2) avoir déjà pianoté sur un clavier d'ordinateur (même avec un doigt, mais c'est mieux avec 2 ! :-).
et ceux qui suivent (IMPORTANT):
Pour OBI1, OBI3 et OBI5 : pas plus de prérequis que ceux mentionnés ci-dessus
Pour OBI2: il est conseillé d'avoir suivi OBI1 (à moins de déjà se débrouiller un peu sous Unix/Linux)
Pour OBI4: il est fortement conseillé d'avoir suivi OBI3.

Organisation:

Il y a 2 sessions (les modules sont les mêmes dans les 2 sessions). Chaque module dure quatre jours. Bien que ces 4  modules soient complémentaires, chaque module peut être suivi séparement. Ils sont composés de 3h de cours le matin et de 4h de TP l'après midi sur le thème de la matinée (travail sur machine Unix/Linux).
Ces modules peuvent accepter au maximum 14 étudiants car nous voulons que le travail de TP se fasse sur machine avec une machine par étudiant. La durée d'un module est de 4 journées. Les horaires sont 9h30-12h30 (cours) et 14h-18h (application sur machine).
L'assiduité à tous les enseignements est bien évidemment obligatoire. De même, l'inscription vous engage à suivre le module (donc il faut vérifier AVANT l'inscription que vous êtes libres de toute obligation pendant les cours/TP).
Les inscriptions (ou renseignements complémentaires) se prennent par mail auprès de : et, UNIQUEMENT pour les stagaires de formation permanente, auprès de :

Intervenants :

Guillaume Achaz, Bernard Billoud, Marie-Odile Delorme, Elodie Duprat, Cyril Gallut, Claude Gerbaud, Isabelle Gonçalves, Ingrid Lafontaine, Philippe Lopez, Emmanuelle Ollivier, Joël Pothier : Maîtres de conférences à l'Université Pierre et Marie Curie,
Conférenciers invités: Simonetta Gribaldo et Eduardo Rocha : Chercheurs.

Cliquer ici pour avoir les coordonnées détaillées des intervenants.

Sessions 2011/2012:

Module OBI5 date : 25-28 mars 2012

Base de données
Initiation à la conception d'une base de données relationnelle en biologie. Modélisation des données, réalisation d'un schéma conceptuel.

Notion de données, les étapes de la réalisation d'une base de données. Le modèle relationnel. La modélisation avec le modèle "entités relations" et la réalisation du shéma conceptuel.

lieu : Bâtiment Atrium : jeudi et vendredi dans la salle RC03 (9h30-12h30 14h00-18h)
Le Système de Gestion de Bases de Données Relationnelles (SGBDR). Le langage SQL.

Création d'une base, manipulation des ,données ajout, modification et suppression, requêtes avancées. Gestion des utilisateurs et des droits.

lieu : Bâtiment Atrium : lundi et mardi dans la RC03  (9h30-12h30 14h00-18h)

Module OBI 4:  date: 9-12 janvier 2012

Introduction à la phylogénie moléculaire.

lieu : Bâtiment Atrium: du Lundi au Jeudi dans la salle RC03 (9h30-12h30 14h00-18h)


Module OBI 1:  date: 4-9 février 2012

Unix/Linux : informatique pour la Biologie - Elaboration de chaînes de traitement des informations biologiques

Initiation au traitement de l'information en biologie par l'utilisation de l'informatique sous système Unix/Linux. L'étudiant sera mis en situation d'utiliser des logiciels du domaine public et universitaire développés en biologie et bio-informatique, et de les interfacer de manière professionnelle grâce aux outils Unix.

lieu : Bâtiment Atrium: Lundi au Jeudi dans la salle RC03 (9h30-12h30 14h00-18h)

Module OBI 2:  date: 12-15 mars 2012

Algorithmique  et Programmation : Notions de base pour les biologistes

Initiation à la programmation et à l'algorithmique. Faisabilité d'un algorithme : les problèmes simples et les problèmes complexes.  Présentation des algorithmes classiques pour l'optimisation et le traitement des données.

lieu : Bâtiment Atrium: Lundi au Jeudi dans la salle RC03  (9h30-12h30 14h00-18h)

Module OBI 3:  date: 10-13 avril 2012

Bases Algorithmiques et Statistiques de l'Analyse des Séquences - Applications avec les logiciels disponibles sur le WEB.

Algorithmes utilisés en Génomique et analyse de séquence: les algorithmes seront étudiés de manière à mettre en évidence la pertinence du paramétrage des logiciels utilisés.

lieu : Bâtiment Atrium: du Lundi au Jeudi dans la salle RC03 (9h30-12h30 14h00-18h)

Sessions 2012/2013:

Module OBI5 date : 02-05 avril 2013

Base de données
Initiation à la conception d'une base de données relationnelle en biologie. Modélisation des données, réalisation d'un schéma conceptuel.

Notion de données, les étapes de la réalisation d'une base de données. Le modèle relationnel. La modélisation avec le modèle "entités relations" et la réalisation du shéma conceptuel.

lieu : Bâtiment Atrium : jeudi et vendredi dans la salle RC03 (9h30-12h30 14h00-18h)
Le Système de Gestion de Bases de Données Relationnelles (SGBDR). Le langage SQL.

Création d'une base, manipulation des ,données ajout, modification et suppression, requêtes avancées. Gestion des utilisateurs et des droits.

lieu : Bâtiment Atrium : lundi et mardi dans la RC03  (9h30-12h30 14h00-18h)

Module OBI 4:  date: 7-10 janvier 2013

Introduction à la phylogénie moléculaire.

lieu : Bâtiment Atrium: du Lundi au Jeudi dans la salle RC03 (9h30-12h30 14h00-18h)


Module OBI 1:  date: 4-7 février 2013/h4> Unix/Linux : informatique pour la Biologie - Elaboration de chaînes de traitement des informations biologiques

Initiation au traitement de l'information en biologie par l'utilisation de l'informatique sous système Unix/Linux. L'étudiant sera mis en situation d'utiliser des logiciels du domaine public et universitaire développés en biologie et bio-informatique, et de les interfacer de manière professionnelle grâce aux outils Unix.

lieu : Bâtiment Atrium: Lundi au Jeudi dans la salle RC03 (9h30-12h30 14h00-18h)

Module OBI 2:  date: 25-28 Février 2013

Algorithmique  et Programmation : Notions de base pour les biologistes

Initiation à la programmation et à l'algorithmique. Faisabilité d'un algorithme : les problèmes simples et les problèmes complexes.  Présentation des algorithmes classiques pour l'optimisation et le traitement des données.

lieu : Bâtiment Atrium: Lundi au Jeudi dans la salle RC03  (9h30-12h30 14h00-18h)

Module OBI 3:  date: 25-28 mars 2013

Bases Algorithmiques et Statistiques de l'Analyse des Séquences - Applications avec les logiciels disponibles sur le WEB.

Algorithmes utilisés en Génomique et analyse de séquence: les algorithmes seront étudiés de manière à mettre en évidence la pertinence du paramétrage des logiciels utilisés.

lieu : Bâtiment Atrium: du Lundi au Jeudi dans la salle RC03 (9h30-12h30 14h00-18h)