Module d'école doctorale OBI-1

Unix/Linux : informatique pour la Biologie - Elaboration de chaînes de traitement des informations biologiques

Objectif:

Initiation au traitement de l'information en biologie par l'utilisation de l'informatique sous système Unix/Linux. L'étudiant sera mis en situation d'utiliser des logiciels du domaine public et universitaire développés en biologie et bio-informatique, et de les interfacer de manière professionnelle grâce aux outils Unix.

Contenu:

UNIX/Linux: le système Unix, les environnements et leurs configurations (personnalisation), les outils UNIX.
Programmation système Unix: programmation de scripts C-shell, interpréteurs awk, application à l'enchaînement et à l'interfaçage de logiciels.
Les expressions régulières et leur utilisation dans le traitement de l'information biologique (grep, egrep). Application au traitement des entrées/sorties des logiciels.

Planning et contenu un peu plus détaillé

Liens utiles:

Bibliographie:


Des fichiers de données utiles au TP

Les petits scripts demandés (commentaires dans les scripts):